Znalezienie odpowiedniego rozmiaru pudełka do transportu małych zwierząt jest bardzo ważne przy jego wyborze. Motto brzmi: „Tak małe, jak to możliwe, ale pojemne, jak to konieczne”. Transporter nie powinien być za duży, ponieważ zbyt duża swoboda podczas transportu, w najgorszym przypadku, zwiększa ryzyko obrażeń. W zależności od ich osobowości, niektóre małe zwierzęta mogą nie lubić transportu lub wykorzystywać dostępną przestrzeń do poruszania się podczas transportu. Zbyt dużo miejsca zachęca do przemieszczania się w większym promieniu lub nawet do chodzenia w te i z powrotem. Z drugiej strony boks lub torba nie mogą być oczywiście zbyt małe, a dla zwierzęcia za ciasne. Idealnie, rozmiar jest taki, aby zwierzę mogło wygodnie znaleźć w nim miejsce i czuć się bezpiecznie. Dodatkowo zwierzę w mniejszym pojemniku łatwiej jest chwycić i wyjąć po transporcie. Zwłaszcza w przypadku gryzoni, skrzynia do transportu małych zwierząt musi być oczywiście solidna, aby mały pasażer nie przegryzł się na zewnątrz.
